Em 2011 foram iniciadas atividades acadêmico-científicas através do Programa de Residência Médica. Em 2013, o Hospital de Cirurgia passou a oferecer também vagas para o Programa de Residência Multiprofissional em Terapia Intensiva.
No ano seguinte, houve a conclusão da primeira turma de residentes em Clínica Médica e Cirurgia Geral. Atualmente o HC oferece vagas para 8 programas de Residência Médica e 3 de Residência Multiprofissional, assim distribuídas:
RESIDÊNCIA MÉDICA
- Clínica Médica
- Cirurgia Vascular
- Neurocirurgia
- Cardiologia
- Cirurgia Cardiovascular
- Psiquiatria
- Medicina de família e comunidade
- Ortopedia e Traumatologia
- Área Cirúrgica Básica
RESIDÊNCIA MULTIPROFISSIONAL
- Fisioterapia
- Enfermagem
- Odontologia
Em 2014, em parceria com a Universidade Tiradentes (UNIT), foi implantado o programa de internato para a graduação de medicina desta Universidade.
Os alunos passam, de forma integral, pelas áreas de Clínica Médica e Cirurgia Geral e participam das atividades de enfermaria, ambulatório, centro cirúrgico e métodos de imagem. A FBHC, para viabilizar todos estes programas de ensino e pesquisa, mantém parceria com várias instituições, entre elas UNIT, AGES, FASE, Secretaria Municipal de Saúde de Aracaju, Secretaria de Estado da Saúde de Sergipe e Universidade Federal de Sergipe. Com estas parcerias firmadas, disponibilizamos tanto o espaço para atuação acadêmica como utilizamos as áreas de cada instituição na formação de nosso corpo de funcionários.
O Hospital de Cirurgia recebe alunos de graduação em Enfermagem, Medicina e Fisioterapia.